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El 31 de Agosto del 2006 se inauguró el Museo de la Historia de la Medicina, cuya misión es la de fomentar la colaboración, establecer relaciones interinstitucionales, intercambiar información y desarrollar proyectos integrales para el rescate, conservación y difusión del patrimonio histórico y cultural del Hospital Civil de Guadalajara.
El museo está conformado por 24 salas, que contemplan desde la época prehispánica hasta el siglo XX y que se han dividido en: México antiguo, Herbolaria, Siglo XVI, Siglo XVII-XVIII, Siglo XIX y XX, así como las salas de especialidades, botica Esesarte, otorrinolaringología, radiología y la sala del desarrollo humano, así como un gran espacio para actividades múltiples.
